Na temporada 2004, o São Paulo disputou o Campeonato Paulista, a Copa Sul-Americana, a Copa Libertadores da América e a Série A do Campeonato Brasileiro.
No Paulistão, o Soberano passou em 1º no seu grupo. Chegando nas quartas de final, foi desclassificado pelo São Caetano após uma derrota (0 a 2) em jogo único.
Na Sul-Americana, reeditando as quartas do Estadual, o São Paulo, desta vez, eliminou o São Caetano na fase preliminar brasileira.
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A segunda preliminar foi resolvida num Clássico San-São. O primeiro jogo terminou com a vitória do Santos (1 a 0). Na volta, o empate (1 a 1 foi o suficiente para eliminar o Tricolor do Morumbi.
Em outra competição sul-americana, a Libertadores, o São Paulo avançou em 1º no grupo, somando 15 pontos. Na chave havia LDU Quito, do Equador, Alianza Lima, do Peru e Cobreloa, do Chile.
Nas oitavas de final, os brasileiros avançaram sobre o Rosário Central, da Argentina, após um empate no placar agregado (2 a 2) e uma disputa por pênaltis (5 a 4).
Chegando nas quartas, o Soberano conseguiu duas vitórias diante do Deportivo Táchira, da Venezuela, a primeira em casa (3 a 0), e a segunda fora (4 a 1), e seguiu na competição.
Contra o Once Caldas, da Colômbia, os paulistas foram eliminados. Os primeiros 90 minutos da semifinal terminaram empatados (0 a 0). Na volta, o São Paulo cedeu a vitória aos colombianos e deixou escapar um possível tri da Libertadores (1 a 2).
Pelo Brasileirão com 24 equipes, o Tricolor Paulista alcançou a 3ª posição. Os 82 pontos conquistados ao longo das 46 rodadas também garantiram uma vaga na Libertadores do ano seguinte.
Elenco do São Paulo de 2004
Goleiros
- Rogério Ceni
- Roger
Lateral direitos
- Gabriel
- Cicinho
Zagueiros
- Edcarlos
- Fabão
- Diego Lugano
- Rodrigo
- Alex Bruno
- Zé Adriano
Laterais esquerdos
- Junior
- Fabio Santos
- Gustavo Nery
- Lino
Volantes
- Alexandre Rottweiler
- Renan Teixeira
- Adriano
- Ramalho
- Jean
- Cesar Sampaio
- Fabio Simplício
- Ale
Meias
- Ramalho
- Marquinhos
- Souza
- Marco Antônio
- Ailton
- Valber
Atacantes
- Luis Fabiano
- Diego Tardelli
- Grafite
- Alexander Rondon
- Nildo
Técnicos
- Cuca
- Emerson Leão
