Na temporada 2006, o Fluminense disputou o Campeonato Carioca, a Copa do Brasil, a Copa Sul-Americana e a Série A do Campeonato Brasileiro.
Fluzão o ano começou pelo Carioca. Na Taça Guanabara, o time terminou em 4ª lugar em seu grupo, não avançando à semifinal. Na Taça Rio, o resultado foi quase o mesmo, com o Tricolor terminando o returno na 3ª posição.
Nas primeiras fases da Copa do Brasil, o Fluminense passou por Operário-MT e CENE-MS. Nas oitavas de final, a equipe perdeu o primeiro jogo contra o Vila Nova-GO. Porém, no confronto de volta, conseguiu uma virada no placar agregado e seguiu para às quartas.
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Com duas vitórias em cima do Cruzeiro, o Tricolor Carioca se encaminhou à semifinal. A decisão da semi foi um clássico do Rio de Janeiro. Confrontando o Vasco, em São Januário, o time das Laranjeiras perdeu o primeiro jogo (1 a 0).
O segundo jogo, desta vez no Maracanã, decidiu a queda do Fluminense na competição. O empate (1 a 1) não foi suficiente para evitar a eliminação.
Na Sul-Americana, outra frustração para a torcida. Na segunda fase, o Fluzão passou pelo rival Botafogo e foi para as oitavas. Lá, o carioca encontrou os argentinos Gimnasia y Esgrima. Na Argentina, o confronto terminou empatado (1 a 1).
Jogando em solo brasileiro, os argentinos venceram (0 a 2), em pleno Maracanã, e assim eliminaram o Fluminense do torneio continental.
No Brasileirão, o Flu não teve um bom desempenho e terminou na parte de baixo da tabela. Sendo mais preciso, a equipe carioca somou 45 pontos, que lhe rendeu a modesta 15ª posição.
Elenco do Fluminense de 2006
Goleiros
- Fernando Henrique
- Ricardo Berna
- Diego
Laterais direitos
- Rogério
- Rissutt
- Neto
Zagueiros
- Thiago Silva
- Gabriel Santos
- Roger Machado
- Thiago Gosling
- Anderson Luis
- Henrique
Laterais esquerdos
- Jean Carlos
- Marcelo
- Roger Machado
- Ulisses Alves
Volantes
- Fernando
- Radamés
- Arouca
- Romeu
- Ângelo
- Fernando Bob
- Bruno Neves
Meias
- Petkovic
- Pedrinho
- Juliano Mineiro
- Juninho Arcanjo
- André Moritz
Atacantes
- Beto
- Lenny
- Alex Terra
- Cláudio Pitbull
- Tuta
- Evandro
- Osmar
Técnicos
- Ivo Wortmann
- Paulo Campos
- Oswaldo de Oliveira
- Antônio Lopes
- Paulo César Gusmão
