Na temporada 2009, o Fluminense disputou o Campeonato Carioca, a Copa do Brasil, a Copa Sul-Americana e a Série A do Campeonato Brasileiro.
No início da temporada, pelo Cariocão, o Flu passou em primeiro lugar na sua chave. Apesar da boa campanha, a equipe caiu na semifinal da Guanabara para o Botafogo (0 a 1).
No Taça Rio, o Tricolor das Laranjeiras também seguiu para as semifinais. Desta vez, em segundo lugar no grupo. Novamente o Fluzão foi eliminado nesta fase. Em clássico Fla-Flu, o tricolor perdeu para o Rubro-negro por 1 a 0.
Pela Copa do Brasil, nas duas primeiras fases, o Time de Guerreiros deixou pelo caminho o Nacional de Patos-PB e o Águia de Marabá-PA.
Chegando nas oitavas de final, os cariocas empataram duas vezes com o Goiás. Graças ao critério de gol fora, o Flu avançou para enfrentar o Corinthians.
Em São Paulo, o Alvinegro saiu vitorioso nos primeiros 90 minutos (1 a 0). Com o empate (2 a 2), em pleno Maracanã, o Fluminense foi eliminado da competição.
Na Sul-Americana, o Fluminense passou pelo rival Flamengo na fase preliminar. Indo para as oitavas, o Fluzão eliminou os peruanos do Alianza Atlético, do Peru. Nas quartas, um empate e uma vitória tricolor em cima do Universidad de Chile levou o time brasileiro para a semi.
Contra o Cerro Porteño, do Paraguai, o Tricolor venceu a ida no Rio. Na volta, a equipe reafirmou a superioridade técnica com uma nova vitória.
Na grande final, o Fluminense reencontrou um velho algoz: LDU Quito. Na altitude, os equatorianos aplicaram uma sonora goleada (5 a 1) nos cariocas.
Tentando uma virada improvável no Maraca, o Time de Guerreiros conseguiu arrancar uma vitória (3 a 0), que não foi suficiente os equatorianos fizeram outra festa no Rio de Janeiro.
Pelo Brasileirão, o Fluminense ficou a um ponto do rebaixamento. Com 46 pontos, um a menos que o 17ª Coritiba, o carioca terminou o Campeonato Brasileiro em 16º, numa campanha histórica de superação.
Elenco do Fluminense de 2009
Goleiros
- Fernando Henrique
- Ricardo Berna
- Luis Cetin
- Rafael
Laterais direitos
- Mariano
- Ruy
- Eduardo Ratinho
Zagueiros
- Luis Alberto
- Edcarlos
- Gum
- Cássio
- Sandro
- Dalton
- Digão
Laterais esquerdos
- João Paulo
- Augusto
- Dieguinho
Volantes
- Diguinho
- Fabio Santos
- Diogo Oliveira
- Wellington Monteiro
- Maurício
- Romeu
- Fabinho
- Radamés
Meias
- Patrício Urrutia
- Raphael Augusto
- Paulo César
- Thiago Neves
- Dario Conca
- Ezequiel Gonzalez
- Marquinho
- Tartá
- Carlos Eduardo
- Leandro Bonfim
- Fabio Neves
Atacantes
- Maicon
- Fred
- Roni
- Everton Santos
- Adeílson
- Alan
- Leandro Amaral
- Kieza
- Dorielton
Técnicos
- Renê Simões
- Carlos Alberto Parreira
- Renato Gaúcho
- Cuca