Na temporada de 2009, o São Paulo disputou o Campeonato Paulista, a Copa Libertadores da América e a Série A do Campeonato Brasileiro.
No Paulistão, no começo da temporada, na fase de turno único, o São Paulo terminou na 2ª posição, com 40 pontos, e seguiu à semifinal, disputada num Majestoso.
Para a tristeza são-paulina, Corinthians saiu vitorioso dentro do Morumbi (1 a 2). Na partida de volta, o Soberano confirmou sua eliminação ao perder novamente para o Alvinegro (2 a 0).
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Quanto a Libertadores, o Tricolor Paulista conseguiu avançar ao mata-mata ao ficar em 1º no grupo, que tinha Defensor Sporting, do Uruguai, além de Independiente Medellín e América de Cali, ambos situados na Colômbia.
Por conta da epidemia do vírus H1N1, que estava ocorrendo no México, a partida das oitavas de final contra o Chivas Guadalajara foi cancelada. Dessa forma, o São Paulo foi direto às quartas por WO.
O adversário foi o compatriota Cruzeiro, que não vencia os paulistas há nove partidas. Em Belo Horizonte, os mineiros encerram o tabu e venceram (2 a 1). No Morumbi, a equipe celeste reafirmou sua força diante dos são-paulinos com uma nova vitória (0 a 2), eliminando o Tricolor da competição.
Após vencer três vezes seguidas o Brasileirão, desta vez o São Paulo ficou na 3ª posição, com 65 pontos, – dois a menos que o campeão, Flamengo, que somou 67. Sem o título, o Soberano, no entanto, beliscou uma vaga na Libertadores do ano seguinte.
Elenco do São Paulo de 2009
Goleiros
- Rogério Ceni
- Denis
- Bosco
- Léo Vieira
- Fabiano
Laterais direitos
- Adrian Gonzalez
- Wagner Diniz
Zagueiros
- Miranda
- André Dias
- Rodrigo
- Renato Silva
- Aislan
- Jean Rolt
Laterais esquerdos
- Júnior César
- Diogo Silvestre
Volantes
- Zé Luís
- Arouca
- Jean
- Eduardo Costa
- Wellington
Meias
- Hernanes
- Jorge Wagner
- Hugo
- Oscar
- Sérgio Mota
- Richarlyson
Atacantes
- Marlos
- Mazola
- Borges
- Dagoberto
- Washington
- André Lima
- Henrique Almeida
Técnicos
- Muricy Ramalho
- Milton Cruz
- Ricardo Gomes
