Na temporada 2006, o São Paulo disputou o Campeonato Paulista, a Recopa Sul-Americana, a Copa Libertadores da América e a Série A do Campeonato Brasileiro.
Depois de um 2005 incrível, o Soberano iniciou 2006 disputando o Paulistão. No campeonato de turno único, os 42 pontos, um a menos que o campeão, Santos, renderam ao Tricolor a 2ª colocação.
Na primeira competição internacional do ano, uma decepção. Na Recopa, o Boca Juniors, da Argentina, mostrou sua força na La Bombonera e venceu o jogo de ida (2 a 1). Na volta, o empate (2 a 2) decidiu de vez o troféu para os argentinos.
Na Libertadores, o atual campeão passou em 1º no grupo, com 12 pontos. Na chave haviam o Chivas Guadalajara, do México, o Caracas, da Venezuela, e o Cienciano, do Peru.
Chegando nas oitavas de final, a fase foi resolvida num Choque-Rei. Um empate (1 a 1) e uma vitória (2 a 1) contra o Palmeiras levaram o Soberano às quartas. Por lá, teve pela frente o Estudiantes, da Argentina.
No confronto, cada um venceu em seu território pelo placar mínimo (1 a 0), o que levou a decisão da vaga para as penalidades, onde o Tricolor Paulista levou a melhor (4 a 3). Na semifinal, um reencontro com o Chivas.
Diferente do oponente anterior, os brasileiros não tiveram dificuldades para eliminar os mexicanos, com uma vitória fora (1 a 0) e outra em casa (3 a 0). A final marcou outro encontro brazuca, agora com o Internacional. Os gaúchos se sagraram campeões com uma vitória no Morumbi (2 a 1) e um empate no Beira-Rio (2 a 2).
No Brasileirão, o São Paulo se sagrou campeão, no que viria a ser três títulos consecutivos. Nesta edição, o Soberano somou 78 pontos, nove a mais em relação ao 2º colocado, que foi o caso do Colorado. Com essa posição, os paulistas também se garantiram na Libertadores do ano seguinte.
Elenco do São Paulo de 2006
Goleiros
- Rogério Ceni
- Flávio
- Bosco
- Mateus
Laterais direitos
- Cicinho
- Richarlyson
Zagueiros
- Miranda
- Edcarlos
- Diego Lugano
- Fabão
- Alex Silva
- Alex Bruno
- André Dias
Laterais esquerdos
- Fabio Santos
- Lúcio
- Júnior
Volantes
- Mineiro
- Renan Teixeira
- Denílson
- Josué
- Ramalho
Meias
- Ilsinho
- Souza
- Rodrigo Fabri
- Lenílson
- Danilo
Atacantes
- Thiago Ribeiro
- Ricardo Oliveira
- Aloísio Chulapa
- Christian
- Márcio Amoroso
- Grafite
- Leandro
- Lima
- Tadeu
- Alex Dias
Técnico
- Muricy Ramalho