Na temporada 2006, o Flamengo disputou o Campeonato Carioca, a Copa do Brasil e o Campeonato Brasileiro.
No Estadual o Mengão foi muito mal, inclusive, quase caiu de divisão. Na Taça Guanabara ficou em penúltimo no Grupo A, com cinco pontos.
O Desempenho ruim se manteve na Taça Rio, amargando a 4° colocação, com seis pontos. Na classificação geral ficou em penúltimo.
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Entretanto, na Copa do Brasil, o Mais Querido conseguiu conquistar a taça. Até chegar na final precisou encarar o ASA de Arapiraca (1° fase), o ABC (2° fase), Guarani (oitavas de final), Atlético Mineiro (quartas de final) e o Ipatinga (semifinal).
A finalíssima foi diante o seu grande rival, o Vasco. Ambos os jogos foram realizados no Maracanã, sendo que a primeira partida o Flamengo era o mandante, e se deu melhor ao vencer o confronto (2 a 0).
A partida de volta o Mengão ganhou novamente (1 a 0), o que garantiu a segunda taça da Copa do Brasil em sua história. Já no Campeonato Brasileiro teve um desempenho mediano, ficando na 11° colocação, com 52 pontos.
Elenco do Flamengo de 2006
Goleiros
- Bruno
- Diego
- Marcelo Lomba
- Getúlio Vargas
Laterais direitos
- Léo Moura
- Léo Matos
Zagueiros
- Emerson
- Thiago Campos
- Hélder
- Renato Silva
- Ronaldo Angelim
- Marcelinho
- Rodrigo Arroz
- Fernando
- Marlon
Laterais esquerdos
- Egídio
- André Santos
- Juan
- André Lima
Volantes
- Robson
- Marcinho Pitbull
- Léo Oliveira
- Goeber
- Júnior Carioca
- Renato Abreu
- Elan
- Célio Júnior
- Paulinho Jaú
- Jônatas
- Diego Souza
- Felipe Dias
- Rômulo
Meias
- Leo Medeiros
- Walter Minhoca
- Renato Augusto
- Thiago Coimbra
- Toró
- Rodrigo Broa
- Geninho
- Fellype Gabriel
Atacante
- Jajá Coelho
- William Amendoim
- Marcelo Macedo
- João Alex
- Fabiano Oliveira
- Luizão
- Bruno Mezenga
- Gilmar
- Diego Silva
- El Tigre Ramirez
- Sávio
- Obina
- Vinícius Pacheco
- Horacio Peralta
- Deni
- Diego Oliveira
Técnico
- Ney Franco
- Waldemar Lemos
- Valdir Espinosa
- Adílio
