Na temporada 2000, o Flamengo disputou o Campeonato Carioca, a Copa dos Campeões Regionais, o Torneio Rio-São Paulo, a Copa do Brasil, a Copa Mercosul e o Campeonato Brasileiro.
O Mengão conquistou seu bicampeonato seguido no Estadual. Na Taça Guanabara ficou apenas na 3° colocação com 23 pontos, o Botafogo ficou com 26, e o campeão Vasco obteve 31.
Já na Taça Rio, a situação mudou. O Flamengo conseguiu se consagrar campeão com 22 pontos, o que garantiu uma vaga na final do Campeonato Carioca mais uma vez contra o seu maior rival.
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No primeiro jogo disputado no Maracanã. Nos 15 minutos finais do confronto, o Flamengo conseguiu marcar todos os seus gols (3 a 0). No jogo de volta, o Mais Querido ganhou novamente (2 a 1) e levantou o troféu.
O sucesso não se repetiu no torneio Rio-São Paulo. A equipe carioca amargou a 3° posição do Grupo A, sendo que avança para a próxima fase os dois primeiros colocados, que no caso foram São Paulo e Botafogo.
A Copa dos Campeões de 2000 foi a primeira edição do campeonato que reunia os vencedores dos estaduais, o ganhador desse torneio garantia uma vaga para Libertadores do ano seguinte.
O Mais Querido entrou nas quartas de final e derrotou o Goiás. Mas na fase seguinte foi eliminado para o Palmeiras. A primeira partida aconteceu no Maracanã, o Mengão conseguiu a vitória (2 a 1). No jogo de volta o Alviverde venceu em casa (1 a 0).
Com o agregado em 2 a 2, o Verdão se deu melhor nos pênaltis vencendo a disputa por 5 a 4. Sobre a Copa do Brasil, o Rubro Negro carioca passou por River-PI, Guarani, Bahia, na segunda, terceira fase, e oitivas, respectivamente. Mas foi eliminado com duas goleadas nas quartas de final diante o Santos.
Na Mercosul, o Flamengo conseguiu se classificar em 2° do grupo. Mas parou logo nas oitavas de final ao perder os dois jogos para o River Plate.
No bagunçado Campeonato Brasileiro de 2000, que recebeu o nome de Copa João Havelange, o Flamengo foi mal, na classificação geral ficou apenas na 19° colocação.
Elenco do Flamengo de 2000
Goleiros
- Clemer
- Júlio César
Laterais direitos
- Pimentel
- Bruno Carvalho
- Alessandro
Zagueiros
- Rogério
- Juan
- Carlos Gamarra
- Fabão
- Bruno Quadros
- Ronaldo
- Luiz Alberto
- Fernando
- Victor
Laterais esquerdos
- Cássio
- Marco Antônio
- Athirson
Volantes
- Leandro Ávila
- Jorginho Araújo
- Rocha
- Camilo
- Mozart
Meias
- Fábio Baiano
- Lúcio Bala
- Maurinho
- Beto
- Dejan Petkovic
- Alex
- Iranildo
- Léo Inácio
- Fabiano Cabral
Atacantes
- Rodrigo Mendes
- Catê
- Jackson
- Tuta
- Lê
- Reinaldo
- Edílson
- Leandro Machado
- Denílson
- Roma
- Adriano
- Rodrigo Gral
Técnicos
- Carpegiani
- Carlos César
- Carlinhos
